In der Krypta befindet sich die Krypta-Orgel "Felix Mendelssohn Bartholdy", ein romantisches Instrument der Firma Strebel von 1917 mit sieben Registern, 435 Pfeifen, zwei Manualen und Pedal. Eine Besonderheit ist eine computergesteuerte Setzeranlage.

Immer wieder finden auch Gottesdienste, Gedenkfeiern, kleine Konzerte und Meditationen. Schließlich ist der von 44 Säulen getragene Raum auch Gedenk- und Grabstätte, etwa von Johann Mattheson und Carl Philipp Emanuel Bach. Deshalb wurde hier als erster Baustein des neuen Orgel-Ensembles die Krypta-Orgel "Felix Mendelssohn Bartholdy" eingebaut.

2008 wurde St. Michaelis hochwertiges Pfeifenmaterial, Windladen und ein Spieltisch aus der Nürnberger Orgelbauwerkstatt Johannes Strebel aus dem Jahr 1917 angeboten. Die Werkstätte Freiburger Orgelbau Hartwig und Tilmann Späth OHG (March-Hugstetten) restaurierte den historischen Bestand und baute alles in eine Kammer an der Stirnwand der Krypta ein. Eine schalldurchlässige Wand sorgt für den Klangaustritt und schützt gleichzeitig das Pfeifenwerk. Der Spieltisch ist mit dem Instrument elektrisch verbunden und so frei im Raum beweglich.

Das Klangbild dieser unscheinbaren Orgel ist erstaunlich farbenreich. Durch die Kombination von Sub- und Superkoppeln ist eine große Klang-Variabilität möglich. Wie in der Zeit um 1900 üblich dominieren die zu diesem Raum und seine Nutzung passenden grundtönigen Nuancen.

I. Manual C–g3, Lade bis g4

Prinzipal 8’
Viola di Gamba 8’
Holzflöte 8’
Oktave 4’

II. Manual C–g3, Lade bis g4

Lieblich Gedeckt 8’
Salicional 8’

Pedal C–d1

Subbass 16’

Koppeln
II / I
I / P
II / P
Sub II / I
Super I, ausgebaut bis g4
Super II, ausgebaut bis g4

computergesteuerte Setzeranlage