Der Michel war schon immer da – davon sind viele Hamburger fest überzeugt, denn eine Stadtsilhouette ohne den vertrauten Turm der Hauptkirche ist kaum vorstellbar. Doch selbst der Michel hat mal klein angefangen als bescheidene Friedhofskapelle außerhalb der Stadtmauer im Jahr 1600. In der rasant wachsenden Stadt war die kleine Kirche mit dem zierlichen Türmchen schon bald zu klein für die vielen Gläubigen. Eine größere St. Michaeliskirche sollte den Bewohnern der Neustadt mehr Platz bieten und so wurde in Sichtweite der alten Kirche neu gebaut – genau an der Stelle, an der der Michel heute noch steht. 1661 wurde die neue Kirche eingeweiht, auch wenn dabei noch etwas Entscheidendes fehlte:  Der Turm des Michel wurde erst acht Jahre später fertiggestellt. 

Dieser stolze Turm sollte dem Michel fast hundert Jahre später zum Verhängnis werden. Ein Gewitter braute sich am 10. März 1750 über der Stadt zusammen, ein gewaltiger Blitz schlug in den Turm ein und setzte ihn in Brand. Die Kirche wurde im Feuer vollständig zerstört. 

Aber die Hamburger gaben ihren Michel nicht auf. Bereits einen Monat später errichteten sie in der Stadt einen Glockenturm aus Holz, bestückt mit den Glocken des Vorgängers, der alten Friedhofskapelle. Von hier aus bliesen die Türmer morgens abends den Choral – wie vorher vom Michel und wie von dort auch heute noch.

Der Michel-Turm blieb das Sorgenkind des Michel. Denn obwohl man sich in der Stadt schnell darauf einigte, dass eine neue Kirche gebaut werden sollte, reichte bei der Einweihung 1762 der Turm nur bis zur Höhe des Kirchenschiffs. Dieser Turmstumpf sorgte für viel Spott in der Stadt und im Umland – konnte Hamburg sich keinen Kirchturm leisten? Das wollte der Senat nicht auf sich sitzen lassen und beauftragte 1776 Ernst Georg Sonnin zum Turmbaumeister, der auch schon beim Bau der zweiten großen St. Michaeliskirche beteiligt war.