Der 03. Juli 1906 war ein wolkenloser heißer Sommertag in Hamburg. Dachdecker besserten das Kupferdach aus – eine brandgefährliche Arbeit, die an diesem Tag eine Katastrophe auslöste: den verheerenden zweiten großen Michelbrand. Türmer Carl Beuerle, seit elf Jahren als Feuerbeobachter auf dem Michel im Dienst, konnte noch Feueralarm geben, doch es war bereits zu spät. Der Michel war verloren, Carl Beuerle verlor sein Leben in den Flammen. Das Feuer hatte ihm den Fluchtweg abgeschnitten.

Am Tag nach dem Brand beschlossen das Kirchenkollegium und der Rat der Stadt den Wiederaufbau der Kirche in unveränderter Form, allerdings sind Turm und Dachstuhl nun nicht mehr aus Holz, sondern aus Stahl und Beton. 1912 wurde die nunmehr dritte große St. Michaelis-Kirche eingeweiht.