Der Kirchengemeinderat ist für die Leitung und Verwaltung der Kirchengemeinde verantwortlich. Er vertritt die Gemeinde in allen Angelegenheiten. In seiner geistlichen Verantwortung wacht er darüber, dass die Kirchen-
gemeinde ihren Auftrag wahr-
nimmt und entscheidet im Rahmen der kirchlichen Ordnung in allen Fragen des gemeindlichen Lebens. 

Am 30. November 2008 wurde der Kirchengemeinderat für sechs Jahre neu gewählt. Dem Kirchengemeinderat von St. Michaelis gehören zur Zeit an (insgesamt 24 Personen):
 
Vorsitzer: Hauptpastor Alexander Röder
Stellvertretender Vorsitzer: Dr. Axel Pfeifer

3 Pastoren
Hauptpastor Alexander Röder, Pastor Hartmut Dinse, Pastorin Julia Atze
(beratendes Mitglied: Bischöfin Kirsten Fehrs)

3 Gemeindeälteste (Oberalte)
Peter Bossen, Dr. Axel Pfeifer, Annemarie Rauhe

16 gewählte Kirchenvorsteher
Silvia Anthony, Birgit Aue, Ulf André Bertheau, Detlev Burkart, Grietje Freudenberg, Michael Gerber, Marcus C. Guardian, Sabrina Hirche, Hildegard Hirschfelder, Sina Klein, Dr. Michael Labe, Wolfgang Muschter, Claus Olde, Britta Osmers, Barbara Pagel, Eckard Trainer

2 berufene Kirchenvorsteher
Prof. Dr. Herwig Guratzsch, Melanie Schröder-Willich

Jeder Kirchenvorsteher muss, wenn er in einem Gottesdienst in sein Amt eingeführt wird, das folgende Gelöbnis ablegen:

„Ich gelobe vor Gott und dieser Gemeinde, das mir anvertraute Amt als Mitglied des Kirchen-
gemeinderates gemäß dem Evangelium von Jesus Christus, wie es in der Heiligen Schrift gegeben und im Bekenntnis der evangelisch-lutherischen Kirche bezeugt ist, zu führen. Ich bin bereit, Verantwortung zu übernehmen für den Gottesdienst, für die diakonischen und missionarischen Aufgaben sowie für Lehre, Leben und Ordnung der Kirche.“