So wird berichtet, dass bereits bei der Grundsteinlegung der ersten großen St. Michaelis-
kirche am 26. April 1649 „von einem hoch aufgeworfenem Erdberge Pauken- und Trompetenmusik“ erklang. Immer wieder heisst es auch in Berichten über besondere Gottesdienste oder andere Ereignisse, dass festliche Musik dargeboten worden sei.

Die Festmusik zur Einweihung des Turmes im Jahre 1786 schrieb Carl Philipp Emanuel Bach, Nachfolger von Georg Philipp Telemann als Musikdirektor an allen fünf Hauptkirchen und der Gelehrtenschule.

Das erste Orgelkonzert gab der Abt Vogeler am 30. Juni 1785. Er erhielt zwar den größten Beifall, weil er in seiner unerschöpflichen Virtuosität dem Werk eine gewaltige Tonfülle entlocken konnte, man befürchtete aber, dass sein Spiel der Orgel Schaden bringen könnte. Sein in den nächsten Jahren mehrfach vorgetragener Wunsch, die Orgel nochmals spielen zu dürfen, wurde daher jedesmal abgelehnt.

Danach gab es aber verschiedene Aufführungen von Oratorien. Besondere Beachtung fanden die Aufführungen der Schöpfung von Haydn im Jahre 1814 sowie von Händels Messias beim Norddeutschen Musikfest am 5. Juli 1841. Seit 1861 veranstaltete der Cäcilien-Verein und seit 1864 auch die Singakademie regelmäßig Konzerte in der Kirche.

Nach dem Wiederaufbau der 1906 abgebrannten Kirche waren bis 1932 Professor Alfred Sittard und danach Kirchenmusikdirektor Friedrich Brinkmann mit zahlreichen Veranstaltungen für die Kirchenmusik verantwortlich.

Nach dem 2. Weltkrieg baute Friedrich Brinkmann den Knabenchor wieder auf und gründete den Jugendchor St. Michaelis. Beide Chöre sangen regelmäßig in den Gottesdiensten, die zunächst im Gruftgewölbe und später im wiederaufgebauten Gemeindehaus stattfanden, weil die Kirche wegen der Kriegsschäden unbenutzbar war. Konzerte konnten daher zunächst nur in der Musikhalle, im Rathaus und in anderen Kirchen stattfinden. Der Jugendchor St. Michaelis wurde bald durch Sendungen im Norddeutschen Rundfunk bekannt. Konzertreisen führten beide Chöre nach Schweden, wo sie mit großem Erfolg Kollekten für den Wiederaufbau der Kirche einbringen konnten.

Nach der Wiedereinweihung der Kirche im Jahre 1952 wurde bereits im Jahre 1953 die Matthäus-Passion von J.S. Bach aufgeführt. Es folgten regelmäßig A-capella-Konzerte und Aufführungen von Oratorien. Diese Tradition wurde auch von Brinkmanns Nachfolgern Friedrich Bihn (ab 1955) und Günter Jena (ab 1974) fortgesetzt.

Jena widmete sich besonders der Pflege der Musik von Johann Sebastian Bach. Die Konzerte in St. Michaelis – insbesondere die Aufführungen der Matthäus-Passion mit dem von John Neumeier einstudiertem Ballett der Hamburgischen Staatsoper und die Reihe Musik und Dichtung mit Heinz Rühmann – fanden Beachtung weit über die Grenzen der Stadt.

Seit 1974 besteht an St. Michaelis eine zweite Kirchenmusikerstelle, die bis 2001 Prof. Gerhard Dickel inne hatte. Er initiierte u.a. die täglichen Orgelandachten zur Mittagszeit und belebte die Tradition des Knabenchors neu, aus dem später der Knaben- und Jugendchor wurde. Mit ihm prägte er die gottesdienstliche Kirchenmusik durch die Aufführung von Messen, Kantaten und Motetten.

1998 schied Günther Jena aus Altersgründen aus. Zum Nachfolger wurde Kirchenmusik-
direktor Christoph Schoener gewählt. Er gründetet den Chor St. Michaelis, der schon nach erstaunlich kurzer Aufbauphase durch erfolgreiche Konzerte bewiesen hat, dass mit ihm die Tradition von Konzerten höchster Qualität an St. Michaelis fortgeführt wird.

2001 musste Gerhard Dickel krankheitsbedingt seinen Dienst beenden. Zu seinem Nachfolger wurde Manuel Gera gewählt, dessen Schwerpunkt wiederum in der vielfältigen musikalischen Ausgestaltung des gottesdienstlichen Lebens liegt. Er ist Gründer der Kantorei St. Michaelis.